Im Ergebnis stand für den FC der Abstieg in die 2. Bundesliga. Im Frühjahr hatte Stefan Wessels bereits seinen noch eineinhalb Saison dauernden Vertrag bis zum Sommer 2007 verlängert – ein Zeichen der Verbundenheit mit dem FC und dem Glauben an eine Perspektive beim und mit dem Traditionsklub. Obwohl er recht oft hinter sich greifen musste und am Ende der letzte Platz stand, konnte Stefan Wessels persönlich mit seinem ersten Jahr als Stammtorhüter zufrieden sein. Er hatte den ein oder anderen Punkt gerettet und auch sonst eine gute Figur gemacht. Ein Höhepunkt war das Duell mit seinem ehemaligen Klub, dem FC Bayern München. Reihenweise scheiterten die einstigen Mannschaftskameraden am Kölner Keeper und musste den Kölnern einen Punkt lassen. Nach dem Spiel sprach ein ehemaliger Kollege von Stefans „Spiel seiner Karriere“.

In der Sommerpause 2004 musste auch Marcel Koller seinen Platz auf der Kölner Bank räumen, und der niederländische Coach Huub Stevens fand seinen Platz im Rhein-Energie-Stadion. Auch Stevens vertraute nach der Vorbereitung dem Können vom Stefan. Ein weiteres Mal hatte er sich gegen seinen Konkurrenten und Hotelbett-Nachbar Alexander Bade durchgesetzt.

Doch nach 4 Spieltagen zog sich Stefan eine Trainingsverletzung zu: einen Kahnbeinanbruch. Entgegen den ersten Prognosen, dass diese Verletzung ihn 4 Wochen außer Kraft setzen würde, stand nach 4 Wochen eine OP an: Eine Titanschraube wurde in die Hand zur Festigung eingesetzt. Die ganze Hinrunde musste Stefan Wessels nun seinen Mannschaftskameraden beim Fußballspielen zusehen, arbeitete aber im Koordinations- und Explosivitätsbereich in einer Mannheimer Spezialtrainingsanlage. Pünktlich im Januar zum start der Vorbereitung meldete er sich wieder zurück an Bord – topfit, wie ihm auch sein Torwarttrainer bescheinigte. Da aber Alexander Bade eine gute Saison spielte, vertraute Trainer Stevens auch weiterhin auf Bade im Tor – never change a winning team. Sieg um Sieg kam die Mannschaft dem Aufstieg näher – und am Ende klappte es auch. Stefan Wessels kam in den letzten Spielen übrigens auf weitere 3 Einsätze – und konnte am Ende der Saison eine tolle Bilanz aufweisen: Bei 6 von 7 Spielen spielte er „zu Null“!

Aus privaten Gründen verließ mit Aufstiegscoach Huub Stevens im Sommer 2005 den Verein – und die FC-Führung verpflichtet Uwe Rapolder aus Bielefeld. Außerdem wechselte der Torwarttrainer: Peter Greiber, mit dem Stefan Wessels eine sehr gute Beziehung hatte, wechselt zum VfL Bochum in die 2. Bundesliga, und Holger Gehrke übernahm aus dem Trainerstab den Job.

Wieder stand für die beiden Keeper des FC ein Duell in der Saisonvorbereitung an. Alexander Bade – der Aufstiegstorwart oder Stefan Wessels, die ehemalige „Nummer Eins“?

Zwei Wochen vor Saisonstart gegen den FSV Mainz 05 am 06.08.2005 in Köln legte sich Rapolder fest: Stefan wird zum Saisonauftakt im Tor stehen. Zum dritten Mal konnte Stefan die Trainer von sich überzeugen.

Nach einem furiosen Saisonauftakt 2005/2006 und einem Platz weit oben in der Tabelle ging es im Laufe der Hinrunde leider immer weiter herab und mündete an derem Ende in einigen sieglosen Spielen vor Weihnachten und dem Rücktritt des Managers Andreas Rettig und dem daraufhin folgenden Rauswurf des Trainers Rapolders.

Zu Beginn der Wintervorbereitung kam dann schon Stefans sechster Trainer in seiner Kölner Zeit mit dem Schweizer Hans-Peter Latour.

Nach einem guten Start in die Rückrunde mit sehr ordentlichen Ergebnissen verletzte sich Stefach am 22. Spieltag in Mönchengladbach: Bei einem Bodenabstoß blieb er im Boden hängen. Er hielt noch bis zum Halbzeitspfiff durch, musste dann jedoch raus.

Bei der Kernspinthomographie am Sonntag stellte sich dann heraus, dass der Quadrizeps femoris im rechten Bein gerissen war und gleich am folgenden Montag schon operiert werden musste. Es folgten zwei Wochen im Krankenhaus und weitere 4 Wochen im Bett zu Hause. Die Saison war also gelaufen und am Ende stand der Abstieg des FCs.

Pünktlich zum Trainingsauftakt 2006/2007 war Stefan jedoch nach langer und intensiver Reha wieder fit und konnte schnell an seine alten Leistungen anknüpfen.

Leider lief es nach dem erfolgten Abstieg in der 2. Liga nicht wie erhofft und nach dem 11. Spieltag musste Hans-Peter Latour seinen Hut nehmen.

Unter Interimstrainer Holger Gehrke wurden wichtige Punkte eingefahren und dann wurde Stefans achter Kölner Trainer präsentiert: Christoph Daum.

Nach einem ersten Training im RheinEnergieStadion vor mehr als 10.000 Zuschauern ging die Aufholjagd in der zweiten Liga mühsam los. Nach einem Zwischenspurt zu Beginn der Rückrunde ließ es aber leider wieder nach und am Ende stand nur ein Mittelfeldplatz für den FC auf dem Papier.

Stefan hatte sich jedoch durch gute Leistungen einen neuen Zweijahresvertrag erarbeitet. Kurze Zeit nach der Unterschrift wurde jedoch entgegen anderer Abmachungen Faryd Montragon als neue Nummer 1 verpflichtet.

Nichtsdestotrotz stellte sich Stefan zu Beginn der Saison 2007/2008 dem Zweikampf und nach den Leistungen in der Vorbereitung waren nahezu alle Beobachter überrascht, dass Stefan am 1. Spieltag nicht im Tor stand.

Aufgrund der festgefahrenen Situation und eines tollen Angebots des Everton FC wechselte Stefan im August 2007 für ein Jahr nach Liverpool in Stefans Lieblingsliga, die Premier League.

Er unterschrieb dort als Nummer zwei, durfte jedoch schon nach wenigen Wochen sein Debüt gegen Manchester United geben, das zwar 0:1 unglücklich verloren ging, jedoch ein toller Einstand für Stefan war.

Es folgten im Laufe der Saison zwei UEFA-Cup-, ein FA-Cup-, zwei Carling Cup- und ein weiteres Premier League-Spiel.

Insgesamt war es ein sehr interessantes und erfolgreiches Jahr für Stefan, es endete mit einem fünften Platz des Everton FC in der stärksten Liga der Welt, dem Halbfinaleinzug im Carling Cup und dem Achtelfinale im UEFA-Cup.

Dann hieß es wieder Abschied nehmen aus England: Stefan nahm ein Angebot des VfL Osnabrück für die Saison 2008/2009 an, da er Osnabrück und die tolle Atmosphäre im Stadion aus seiner Jugend kannte und er mit seiner kleinen Familie so nahe der Heimat sein konnte.

Nach einem ordentlichen Start in die Saison - es war klar, dass es nur um den Klassenerhalt gehen würde - überschlugen sich die Ereignisse im Laufe der Hinrunde und Stefan landete trotz bescheinigter sehr guter Leistungen zum Saisonende auf der Bank.

Leider trat der durch den spektakulären Wechsel im Tor erhoffte Effekt, die Mannschaft wachzurütteln, nicht ein und am Ende der Saison stand ein bitterer Abstieg aus der 2. Liga und Stefans Vertrag verlor seine Gültigkeit.

Nach diesen Erfahrungen beschloss Stefan, seinen zukünftigen Club sehr genau auszuwählen und nicht das erstbeste Angebot anzunehmen.

Daher trainierte in den Monaten Juli und August im Trainingscamp der Spielergewerkschaft VDV, konnte sich dort fitmachen und -halten und sogar diverse Testspiele absolvieren. Der Höhepunkt dieser "anderen" Saisonvorbereitung war ein Benefizspiel der "Sportfreunde Pocher" gegen den FC Bayern München in der Schalker Veltins-Arena, in der Stefan reihenweise Glanzparaden trotz einer 0:13-Niederlage zeigen konnte.